در سال 1312 يک گزارش مخفي به اعليحضرت فقيد رسيد که بهايي‌ها تشکيلات وسيعي در ميان کارمندان دولت و سازمان‌هاي ارتش داده و عده‌اي از مردم را دور خود جمع کرده‌اند. علاوه بر اين، در مدرسه بنات هم که در خيابان پهلوي است، تعليمات خاصي به کودکان مي‌دهند.

با وجود آن‌كه پس از برنامه انگليسي‌ها در زمان محمدشاه قاجار در پديد آوردن بهاييت، محمدرضا پهلوي با رويكردي افراطي تلاش كرد اركان سياسي و اقتصادي و فرهنگي ايران را در اختيار پيروان اين فرقه جعلي قرار دهد، رضاشاه پهلوي در اين زمينه رويكردي متفاوت داشت.

به گزارش تابناك، هرچه محمدرضا در اين زمينه سستي مي‌کرد و دست بهاييان و يهوديان را براي نفوذ در ارکان کشور باز مي‌گذاشت، رضاشاه براي مقابله با آنان جدي بود.
در نشريه تهران مصور (تاريخ ارديبهشت 1334) از قول يکي از کساني که در زمان رضا شاه در جريان مبارزه با بهاييان بوده آمده است: «در سال 1312 يک گزارش مخفي به اعليحضرت فقيد رسيد که بهايي‌ها تشکيلات وسيعي در ميان کارمندان دولت و سازمان‌هاي ارتش داده و عده‌اي از مردم را دور خود جمع کرده‌اند. علاوه بر اين، در مدرسه بنات (دختران) هم که در خيابان پهلوي و محل فعلي يک از ادارات نيروي هوايي واقع است تعليمات خاصي به کودکان مي‌دهند و با جمع‌آوري پول از مردم يک ساختمان بزرگي نيز نزديک کالج آمريکايي‌ها مي‌خواهند برپا کنند.

اين گزارش اعليحضرت فقيد را وادار کرد که دستور دهد مدرسه بنات بسته شود و تحويل دانشکده افسري گردد. سپس حضيره القدس را نيز از يد بهاييان خارج نمود و در نتيجه ساختمان آن محل و اتمام کانون گنبد بهاييان ناتمام ماند. بعد به دستور شاه فقيد عده‌اي از افسران بهايي را يا خارج کردند و يا به نقاط مختلف اعزام نمودند و به اين ترتيب فعاليت علني فرقه بهايي در ايران متوقف کردند.

اين در حالي بود که در دوره جديد با روي کار آمدن محمدرضا شاه، بهاييان توانستند حضره القدس را که در اختيار پادگان سلطنت‌آباد بود، دوباره تصرف کرده و شروع به اتمام بنا بکنند».